小粒咖啡（Coffea arabica）隸屬于茜草科（Rubiaceae），是多年生的重要經(jīng)濟作物。隨著特色咖啡需求增加，開發(fā)市場需求高的咖啡品種頗為重要。埃塞俄比亞作為小粒咖啡基因庫的主要來源，其種質(zhì)資源具有頗高的價值，可用于培養(yǎng)優(yōu)良性狀的品種。基因組重測序可以促進分子育種，且通過重測序分析產(chǎn)生的標(biāo)記有助于推進傳統(tǒng)作物育種方法，進而縮短開發(fā)新品種所需的時間。因此，在咖啡中開發(fā)和使用基因組重測序可以促進具有優(yōu)良性狀品種的培育。

 

　　中國科學(xué)院武漢植物園與埃塞俄比亞科研人員合作，運用Illumina測序技術(shù)，對埃塞俄比亞生物多樣性研究中心Choche種質(zhì)庫中的90份咖啡種質(zhì)材料進行基因組重測序，得到了974萬SNP和134萬InDel。同時，研究利用全基因組SNP標(biāo)記進行系統(tǒng)發(fā)育分析發(fā)現(xiàn)，這些咖啡種質(zhì)聚為四個主要大的分支，每個大的分支中包含若干小的分支，其聚類方式與種質(zhì)資源的地理來源高度關(guān)聯(lián)。本研究中發(fā)現(xiàn)的SNPs或與咖啡中咖啡因含量、產(chǎn)量、疾病和害蟲等重要農(nóng)藝性狀的重要基因通路的變異有關(guān)，可能是寶貴的新等位基因變異來源，可被用來推進咖啡基因組研究和種質(zhì)改良。

 

　　相關(guān)研究成果以Whole-genome resequencing of Coffea arabica L. （Rubiaceae） genotypes identify SNP and unravels distinct groups showing a strong geographical pattern為題，發(fā)表在BMC Plant Biology上。研究工作得到湖北省重點研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金、中科院國際合作計劃及中科院中-非聯(lián)合研究中心的支持。