監管機構每年不少于1次檢查，也可根據風險隨機開展檢查，開展檢查或抽樣時，經營人或其授權人員須陪同，樣品將送到認可的實驗室進行必要的檢測。飼養牲畜以獲得有機肉類或乳制品的經營者，須進行詳細的評估，控制機構將檢測牲畜，肉類和飼料中的生長激素等禁用物質和抗生素等獸藥含量。檢測結果不符合有機標準的，控制機構將進行調查并開展風險評估，風險高的食品將被禁止作為有機產品銷售，還將對經營場所、樣本是否含有殺蟲劑、其他有機食品是否受影響、提供原料的企業是否受到影響進行調查，并調查決定經營企業是否為故意或無法控制的情況下被污染等。檢測結果顯示有機食品含有微量的殺蟲劑，未超過安全限度的須停止銷售受影響的有機食品，或撤銷有機認證，超過安全限度的農藥殘留，控制機構將向英國化學品管理局(CRD)報告。